Igra je podeljena na četiri univerzuma. U svakom univerzumu igrate kao drugačiji Spider-Man, u drugačijem vremenu. Za sada, poznata su samo dva univerzuma. Univerzum Amazing, koji se nalazi u mnoštvu okruženja - varira od prašuma do gradova, i univerzum Noir koji je danas prvi put viđen. Noir je smešten u 1930 godinu, kada su još vladale velike gangsterske grupe. Spider-Man je u njemu znatno izmenjen, i mnogo mračniji.